近日，四川农业大学动物科技学院牧草课题组在植物学权威期刊《Plant Biotechnology Journal》在线发表了题为《Genome assembly provides insights into the genome evolution and flowering regulation of orchardgrass》的研究论文，首次公布了优质禾本科牧草鸭茅的高质量参考基因组，为鸭茅分子育种提供了重要的基础信息支撑，此为我国第一个公布的牧草参考基因组。

    动科院黄琳凯教授为第一作者，博士生冯光燕和严海东以及诺禾致源张钟仁为共同第一作者，张新全教授为通讯作者，诺禾致源江文凯博士为共同通讯作者，川农为第一单位及第一通讯作者单位，美国农业部牧草与草地资源研究实验室Shaun Bushman研究员、弗吉尼亚理工大学Aure博士和佛罗里达大学Jiangping Wang 副教授为合作作者参与了了本项研究工作。《Plant Biotechnology Journal》为中科院生物科学和植物科学领域1区杂志，2019年影响因子为6.8，在农艺与作物学科中排名第一。

    鸭茅是一种优质多年生禾本科牧草，在欧洲，北美，大洋洲以及我国西南区等广泛种植使用，是世界四大广泛分布的禾本科牧草之一。但由于鸭茅基因组具有高重复性和高杂合度的特性，多年来一直无法获取鸭茅的参考基因组。本研究选取二倍体鸭茅为研究对象，采用二代+三代的测序策略，同时结合Hi-C染色体构象捕获技术， BioNano光学图谱以及10X Genomics技术，首次完成鸭茅全基因组测序和组装工作。本研究获取的鸭茅基因组大小约为1.84 Gb，contig N50为 0.93 Mb, scaffold N50为6.08 Mb，共鉴定到40,088个蛋白编码基因，在草类植物基因组研究领域处于领先水平。序列分析表明69%的鸭茅基因组拼接基因组序列为转座子，其中long terminal repeats (LTRs)占比最多，推测LTRs很可能在鸭茅基因组中出现扩张，以适应一百万年前更新世剧烈的环境变化。本研究还结合BSA，转录测序和QTL定位技术，挖掘鉴定到4个控制开花性状的潜在调控基因，为鸭茅农艺性状定向选择提供新的线索。

全文链接：https://onlinelibrary.wiley.com/doi/pdf/10.1111/pbi.13205